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20 févr.

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Séminaire externe de l'ITAV "Guaranteed Optimization for Computational Protein Design and Applications to Bio-nanotechnology"

Colloque/Séminaire/Conférences-Rencontres/Débats

Ce séminaire sera présenté par David SIMONCINI, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, le vendredi 23 février prochain.

Computational Protein Design (CPD) refers to the problem of finding a protein sequence that maximizes the stability of a protein structure, or the affinity of a protein with a binding partner. At the core of CPD, lies a compact formulation of the Global Minimum Energy Conformation problem. This formulation assumes a rigid backbone, captures amino-acid and conformation changes through a discrete rotamer library and relies on a pairwise decomposable description of the energy. Despite its intrinsic computational hardness, CPD has started to yield several completely new functional molecules in the last decade. If deterministic algorithms give a guaranteed access to optimal designed sequences, the  NP-hardness of the problem limits them to small designs. Stochastic methods are therefore often preferred. In this talk, we show how we used Artificial Intelligence optimization techniques to tackle fixed backbone, decomposable energy, rotamer based Computational Design problems with deterministic algorithms and give a few examples of applications in bio-nanotechnology.
 
Contact ITAV : Sylvain Cussat-Blanc – 05 82 99 10 35

Pour plus d'information, consultez le site internet de l'ITAV en suivant ce lien.

Dates
le 23 février 2018
à 11h
Lieu(x)
Salle des séminaires du Centre Pierre Potier

Date de mise à jour 16 février 2018


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