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Université de Toulouse Université Toulouse III - Paul Sabatier

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19 févr.

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Master Bioinformatique et Biologie des Systèmes (M BBS)


Caractéristiques

Nature de formation
Diplôme National (Formation diplômante)
Type de diplôme
Master (LMD)
ECTS
120 ECTS
Grade
Master
Site(s) géographique(s)
Toulouse - 118 rte de Narbonne
Accessible en :
Formation initiale
Formation continue / FTLV
Langues d'enseignement
Français
Mention
Bio-informatique
Domaine(s) LMD
Sciences - technologies - santé
Niveau de sortie
Bac + 5 (Niveau I)


Présentation générale

Cette formation a pour objectif de former des étudiants possédant d'importantes capacités pluridisciplinaires, biologie, informatique et mathématiques , nécessaires pour œuvrer dans le domaine de la bioinformatique mais aussi dans celui émergent de la biologie des systèmes .
L'évolution rapide des technologies dans le domaine des sciences de la vie et la généralisation des approches globales dans l'analyse du vivant génèrent dans les laboratoires privés et publics une demande accrue de jeunes cadres ou chercheurs possédant une vision intégrée s'appuyant sur des connaissances et des compétences de plusieurs champs disciplinaires.
De part son enseignement pluridisciplinaire (informatique, mathématiques, biologie et bioinformatique) et sa coloration sectorielle ciblée, cette mention ne possède qu'un seul parcours, Bioinformatique et Biologie des Systèmes.

En M1, au premier semestre , une UE au choix (Algorithmique/Harmonisation des connaissances en Biologie) permet aux étudiants suivant leur origine (Biologie ou Informatique) d'acquérir les bases de l'autre discipline. Des UE communes leurs permettent ensuite d'acquérir les fondements disciplinaires de la formation en informatique, mathématiques et bioinformatique. En mathématiques , au travers de deux UE seront abordés d'une part le traitement statistique des données biologiques et d'autre part l'initiation théorique aux bases de l'algèbre linéaire et de l'analyse, notamment la résolution d'équations différentielles nécessaire pour la modélisation de problèmes dynamiques. En informatique , deux UE aborderont la programmation structurée et les bases de données. Quatre UE seront dédiées aux approches de bioinformatique , l'une dédiée aux concepts et algorithmes sous-jacents aux principaux outils de comparaison de séquences biologiques, la seconde consacrée aux approches d'analyse des données de génomes, la troisième aux traitements des réseaux d'interactions moléculaires au travers de l'analyse de graphes et la quatrième présentera des approches en génétique des populations et en génétique statistique.
Le second semestre propose des UE d'approfondissement en programmation (programmation orientée objet) et en bioinformatique pour le traitement des données issues des approches à haut débit. Des UE permettent d'aborder : l'extraction de connaissances à partir de grands jeux de données (Fouilles de données), le traitement des données issues des techniques de séquençage à haut débit (Traitement des données postgénomiques), l'initiation aux analyses d'évolution moléculaire. Deux UE au choix permettent d'acquérir un complément de formation soit en modélisation moléculaire, soit en mathématiques (analyses statistiques multivariées). Deux UE de langues vivantes sont proposées l'une au S7 et l'autre au S8.
Activités de mise en situation : Une UE de projet tuteuré est proposé au second semestre de M1. De part un besoin de renforcement des compétences disciplinaires, il n'y a pas de stage obligatoire prévu durant l'année de master 1, cependant les étudiants sont fortement encouragés à effectuer un stage en fin d'année universitaire sous couvert du M1 . De plus, de nombreux projets individuels ou collectifs leur sont demandés tout au long de la formation, de manière à développer leur autonomie dans le travail mais également leur aptitude à mener un projet d'équipe.
A l'issue du M1, les étudiants sauront concevoir et programmer des algorithmes fondamentaux d'analyses de données biologiques, créer et exploiter des bases de données, réaliser des analyses de séquences, utiliser les logiciels d'annotation de génomes, traiter et analyser des grands jeux de données biologiques, analyser des graphes et réseaux biologiques et reconstruire le scénario évolutif des séquences d'une famille de gènes/protéines.

En M2, La formation théorique s'articule autour de 7 UE du premier semestre. L'accent sera mis sur la prise en compte des relations entre les objets biologiques , sur l 'intégration des données hétérogènes (génome, transcriptome, protéome, métabolome etc.) pour permettre une synthèse rationnelle des résultats et sur un approfondissement des méthodes et concepts de fouilles de données étudiés en master 1 (apprentissage automatique) pour enrichir leur interprétation biologique. Deux UE seront dédiées à la biologie des systèmes dont l'objectif est de caractériser les composants élémentaires d'un système biologique pour mettre à jour les propriétés qui résultent de leurs interactions, ceci afin de mieux comprendre le comportement dynamique du système dans sa globalité. Les enseignements, dans ces deux UE, seront réalisés sous forme d'ateliers, impliquant un travail actif de l'étudiant (par exemple, lecture de publications et synthèse pour préparer l'atelier), permettant d'approfondir la formation des étudiants à la démarche de la recherche et à l'autoformation. L'UE communication scientifique permettra aux étudiant(e)s d'acquérir la rigueur et la démarche scientifique requises pour réaliser la synthèse de travaux scientifiques et leur présentation via différents supports de communication. Finalement la connaissance du monde professionnel sera abordée dans l'UE connaissance de l'entreprise.
De même que dans le cadre du master 1, il sera demandé aux étudiants de réaliser des projets individuels ou collectifs de manière à développer leur autonomie dans le travail mais également leur aptitude à mener un projet d'équipe. Certains projets transversaux permettront de développer leur esprit de synthèse et de transfert de connaissances. Ils feront l'objet de rapports écrits et de soutenances orales.
La formation pratique (deuxième semestre) consiste en un stage de 6 mois (de janvier à juin) soit en milieu académique, soit en entreprise, en France ou à l'étranger. Il sera validé par un rapport écrit et une soutenance orale en fin d'année.

Connaissances

A l'issue du master, l'étudiant diplômé aura acquis :
  • les connaissances en programmation et gestion des données pour accompagner des projets en biologie
  • les connaissances en traitements mathématiques des grands jeux de données pour en extraire les informations pertinentes
  • les démarches pour dégager, à partir de différentes sources de données hétérogènes , les relations entre objets dans le but d'inférer des réseaux biologiques
  • les méthodes de modélisation dynamique des réseaux biologiques pour analyser in silico leur comportement,
  • des connaissances pratiques par la réalisation de nombreux projets individuels et collectifs en plus d'un socle solide de connaissances théoriques.
  • l' autonomie nécessaire pour conceptualiser les problèmes liés à l'analyse des données biologiques et pour mettre en place et/ou développer les réponses méthodologiques adaptées pour résoudre la question biologique posée.

Compétences

  • Concevoir, gérer et administratrer un système d'informations à travers l'administration de bases de données volumineuses et complexes pouvant être réparties ou fédérées de manière à extraire des informations pertinentes dans le cadre de projets biologiques
  • Conceptualiser des problèmes liés à l'analyse de données biologiques complexes et développer des réponses méthodologiques adaptées par leur traduction en terme d'algorithmique et leur implémentation sous forme de solutions logicielles.
  • Traiter, intégrer et analyser des données massives, complexes et hétérogènes (génomes, données issues d'expériences à haut débit, données environnementales, épidémiologiques, etc.) produites dans différents domaines de la biologie (santé, agronomie ou environnement) pour en extraire des connaissances facilitant l'aide à la décision et/ou au diagnostic.
  • Comprendre et prédire le comportement dynamique d'un système ou processus biologique en représentant les connaissances disponibles dans un modèle mathématique et en confrontant simulations numériques et résultats expérimentaux afin d'aider aux développements d'expérimentations plus ciblées.

Statistiques

Effectifs par année de formation :
  • 2012-2013 : 14 étudiants en M1; 6 étudiants en M2
  • 2013-2014 :21 étudiants en M1; 13 étudiants en M2
  • 2014-2015 : 21 étudiants en M1; 17 étudiants en M2
Taux de passage de l'année N à N+1 sur l'ensemble du cursus :
2011-2012 : 78% ; 2012-2013 : 93% ; 2013-2014 : 81%.

Insertion professionnelle à la suite du M2 :
Sur les quatre années 2010 à 2013, 93% des étudiants se sont insérés professionnellement, dont 48% ont obtenu un poste d'ingénieurs en CDI, 26% un poste en CDD, 19% ont poursuivi en thèse.
Pour ceux n'ayant pas poursuivi en thèse, les niveaux d'emploi correspondent à leur formation c'est-à-dire niveau cadre et plus précisément celui d'ingénieurs d'étude.
La période de recherche d'emploi après l'obtention du diplôme a, dans tous les cas été courte, entre moins d'un mois à un maximum de 6 mois.

Moyens techniques et pédagogiques

La prestation est réalisée en mettant à dispositions des usagers les équipements, les locaux et les moyens pédagogiques adaptés pour les enseignements ainsi que des équipes pédagogiques adaptées constitués d’enseignants, d’enseignants-chercheurs et de professionnels qualifiés ayant une activité en lien avec les contenus de la formation.

Modalités d'accés à la formation

Niveau(x) de recrutement

Bac + 3

Capacité d'accueil

La capacité d'accueil est de 23 places , ce qui correspond aussi à la capcité totale du master puisqu'il s'agit d'un parcours unique.

Formation(s) requise(s)

  • Licence Sciences de la Vie
  • Licence d'Informatique
Au sein de ces Licences, les parcours interdisciplinaires Sciences de la Vie, Mathématiques et Informatiques, comme le parcours type BIOMIP de la licence Sciences de la Vie de l'Université Paul Sabatier, sont plus particulièrement adaptés pour la poursuite dans ce master.

Une première sélection sera réalisée sur les dossiers de candidature sur les critères suivants :
Pour les étudiants de Licences Sciences de la Vie un bon niveau de base est souhaité en :
  • génétique/génomique/biologie moléculaire
  • mathématiques et statistiques
  • bioanalyse et/ou bioinformatique
Pour les étudiants en Licence d' Informatique un bon niveau de base est souhaité en :
  • informatique (algorithmique, programmation)
  • mathématiques (statistiques, modélisations)
  • des connaissances de base en Biologie de préférence moléculaire montrant leur sensibilisation à cette discipline.
Après cette première sélection, un entretien sera proposé aux étudiants dont les dossiers ont été retenus.

Modalités de candidature et d'inscription

Typologie des publics accueillis

Étudiants de l'UPS ou hors UPS, en formation initiale ou tout au long de la vie.
  • Vous êtes lycéen(ne) ou étudiante, consultez la rubrique Formation initiale ci-dessous.
  • Vous êtes en reprise d'études, salarié(e), demandeur(euse) d'emploi ou candidat(e) pour une Validation des Acquis, consultez la rubrique Formation continue ci-dessous.
Dans le cas où le diplôme auquel vous vous inscrivez fait l'objet d'un accord entre établissements, vous serez diplômé de l'établissement auprès duquel vous aurez effectué votre inscription.

Formation initiale

Les modalités de candidature et d’inscription en formation initiale sont précisées à la rubrique La Formation > Inscriptions.

Toute autre précision peut être demandée au service de la Direction des études et de la Vie étudiante.
Contact : scolarite.inscriptions@univ-tlse3.fr

Formation continue / FTLV

Les modalités d’inscription en formation continue sont précisées sur le site de la MFCA.

Tarification de la formation

Les tarifs varient en fonction de la personne candidate et du régime d’inscription.
Les droits d’inscriptions universitaires sont fixés chaque année par arrêté du Ministère de l’Enseignement Supérieur.
Les étudiants boursiers bénéficient de l’exonération des droits universitaires et de la cotisation à la sécurité sociale étudiante.

International

L'Université Toulouse 3-Paul Sabatier est signataire d'environ 400 accords de coopération et d'échanges permettant aux étudiants de faire une partie de leurs études, sous forme de cours ou de stages, dans une Université partenaire en Europe (programme ERASMUS), en Amérique du Nord (programmes TASSEP et BCI). La liste des partenaires est disponible sur le site web de l'Université à la rubrique "international". Ces programmes d'études, montés en coordination avec les responsables de diplômes de l'UT3-PS et sous réserve de réussite des étudiants à leurs examens à l'étranger sont reconnus dans le cursus.

Pour plus de renseignements, contactez votre coordinateur ERASMUS ou envoyez un courriel à : infos.international@univ-tlse3.fr.

Formation continue / FTLV

La formation est accessible en reprise d’études, dans le cadre de la Formation Tout au Long de la Vie (FTLV), après une interruption des études d’au moins deux ans. L’accès est de droit si la personne possède le diplôme prérequis, au même titre que les étudiants en formation initiale. Le statut pendant la durée de la formation sera celui de "stagiaire de la formation professionnelle".

Des frais de formation spécifiques seront demandés, financés par l’employeur, un organisme collecteur des fonds de la formation professionnelle, Pôle Emploi, etc. Ces frais sont déterminés selon la situation et les droits acquis durant le parcours professionnel. La tarification des frais de formation est consultable sur le site de la MFCA.

Il est possible de mobiliser les heures du CPF (Compte Personnel de Formation) capitalisées. Pour s’assurer de l’éligibilité de la formation à ce dispositif, veuillez consulter le site de la MFCA.

La personne qui ne possède pas le titre prérequis habituel doit initier en premier lieu une procédure de VA85.

Modalités de Validation des Acquis

Validation des Acquis 85 (VA 85)

Cette procédure est requise lorsque la reprise d’études n’est pas possible directement, en raison de l’absence du diplôme prérequis habituel. Elle permet de valoriser l’expérience professionnelle acquise dans le même domaine que celui du diplôme. Chaque situation particulière est étudiée par une commission qui statue sur l’autorisation d’entrer en formation.
Plus d’informations sur le site de la MFCA.

Validation des Acquis de l'Expérience (VAE)

Le diplôme peut être obtenu en effectuant une démarche de Validation des Acquis de l’Expérience. Il faut justifier d’au moins un an d’expérience dans le domaine du diplôme visé. Le candidat au diplôme écrit un mémoire qui explicite son expérience et soutient sa candidature devant un jury. Il n’y a pas d’enseignements à suivre, à moins que le jury ne se prononce pour une validation partielle assortie de préconisations qui mentionnent un complément de formation. Des frais liés à cette procédure particulière seront demandés.
Plus d’informations sur le site de la MFCA.

Programme des enseignements

Le syllabus de chacune des années composant le diplôme est téléchargeable au format PDF.
Le document comporte une présentation de l’année, le programme de chacune des Unités d’Enseignement (UE) avec la bibliographie associée ainsi que les coordonnées de l’enseignant responsable et du secrétariat de la formation.

Syllabus du M1 BioInfo
Syllabus du M2 BioInfo

Immersion en milieu professionnel

Stage obligatoire

Stage

Un stage de 6 mois, au second semestre du master 2, en entreprise ou en milieu académique permettra à l'étudiant d'apprendre à travailler en équipe, de gérer un projet et donc d'organiser son travail de manière à répondre aux échéances exigées par l'encadrant, de trouver des solutions pour résoudre des problèmes qui n'avaient pas été envisagés au départ. Il permettra aussi de mettre en oeuvre les compétences acquises lors de la formation académique pour résoudre des problématiques concrètes.
Le travail réalisé donnera lieu à un rapport écrit et à une soutenance orale.
Ce stage permettra une imersion dans un environnement pluridisciplinaire (biologistes, bioinformaticiens, biostatisticiens, informaticiens) au sein d'une entreprise ou d'une institution de recherche tout en faisant preuve d'autonomie et d'initiatives. Le travail réalisé donnera lieu à un rapport écrit et à une soutenance orale.

La formation s'appuie sur 16 laboratoires soit un potentiel de 50 à 60 chercheurs pouvant encadrer un étudiant stagiaire de M2 : MIAT (UPR 0875 INRA); GenPhySe (UMR 1388 INRA); LIPM (UMR CNRS/INRA 2594/441); Toxalim (UMR 1331 INRA-ENVT/EI-Purpan); LRSV (UMR 5546 CNRS/UPS); CBD (UMR 5547 CNRS/UPS); LMGM (UMR 5100 CNRS/UPS); LBME (UMR 5099 CNRS/UPS); LBMCP (UMR 5088 CNRS/UPS); IPBS(UMR 5089 CNRS/UPS); IRIT (UMR 5505 UPS/CNRS/INP/UT1/UT2J); LISBP (INSA/CNRS 5504, UMP INSA/INRA 792); STROMALab (UMR CNRS 5273, U1031 Inserm, EFS-PM, UPS); I2MC Obesity Research Laboratory (UPS INSERM U1048), EDB (UMR 5174 CNRS-UPS-ENFA); CPTP (INSERM UMR 1043 CNRS UMR 5282 UPS)

Le stage pourra s'effectuer dans une entreprise dont les secteurs d'activités font appel aux traitements informatiques et mathématiques des données biologiques, notamment en agroalimentaire, environnement et santé : grandes sociétés industrielles (pharmaceutiques, semencières, phytosanitaires, cosmétiques et environnementales), sociétés innovantes en biotechnologies,

Projet Tuteuré

Une UE projet tuteuré est prévue au second semestre du M1. Le projet se fera en groupe de 3 à 4 personnes et portera sur des thématiques de Bioinformatique mettant en œuvre de la programmation, des bases de données et de la création de sites Web. Des techniques de travail en groupe et de suivi de projets seront utilisées. L'évaluation se fera par des rapports de suivi de projet et une soutenance orale.

Poursuites d'études

A l'UPS
A l'issue de ce master, les étudiants peuvent poursuivre en Doctorat

Débouchés professionnels

L'évolution rapide des technologies dans le domaine des sciences de la vie et la généralisation de ces approches globales dans l'analyse du vivant génèrent dans les laboratoires publiques et privés une demande accrue de jeunes cadres possédant des compétences pluridisciplinaires en biologie-informatique-mathématique et pouvant de plus jouer un rôle d'interface au sein de ces laboratoires.
Les débouchés professionnels se situent donc dans les secteurs d'activités privées ou publiques faisant appel aux traitements informatiques et mathématiques des données biologiques, notamment en agroalimentaire, pharmacologie, environnement et santé.

Secteur(s) d'activité(s)
Les secteurs d'activités concernés sont larges :
  • sociétés innovantes (« Start-Up ») de biotechnologies
  • industries pharmaceutiques et cosmétiques
  • firmes semencières, entreprises tournées vers les biotechnologies végétales
  • Industrie agroalimentaire
  • organismes de Santé Publique et de l'Environnement
  • plateformes technologiques des Génopoles
  • laboratoires de recherche
En région toulousaine de nombreuses entreprises peuvent recruter les étudiants du master bioinformatique comme par exemple Sycomores technologies, Vaiomer, Pierre Fabre, Sanofi, Biogemma, Syngenta Seeds, les plateformes bioinformatique, protéomiques de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
Métiers
  • Ingénieur d'étude et de recherche en entreprise (service R&D) et dans les centres et instituts de recherche.
  • Ingénieur d'étude sur des plateformes technologiques.
  • Conseiller et chargé d'étude, de mission ou de recherche en bioinformatique et traitement de l'information




Devenir des diplômés

Enquête OVE

Les rapports de l'Observatoire de la Vie Etudiante (OVE) sont disponibles à la rubrique Orientation et insertion > Devenir des diplômés.

SCUIO-IP

Le Service commun universitaire d’information, d’orientation et d’insertion professionnelle (SCUIO-IP) apporte une aide tout au long du parcours à l’université Toulouse III - Paul Sabatier pour définir le projet de formation et clarifier les objectifs professionnels, mettre en œuvre une stratégie de recherche d’information et aider dans les démarches d’insertion professionnelle.
  • Un accueil et un accompagnement personnalisés
  • Une aide au choix d’orientation, pour faire le point sur votre projet sous forme de rendez-vous individuels ou d’ateliers
  • Une aide à l’insertion professionnelle : ateliers (lettres, CV,...), conférences, permanences, conseils pour la recherche de stage, d’emploi et l’entrepreunariat étudiant, guichet d’offres de stages et d’emplois
  • Des ressources documentaires spécialisées sur l’enseignement supérieur, les métiers, le marché du travail, la recherche d’emploi et de stage

Date de mise à jour 11 décembre 2017


Contacts

Responsables
M1 BioInfo
BARRIOT Roland
Roland.Barriot@ibcg.biotoul.fr

FARINAS Jérôme
jerome.farinas@irit.fr

M2 BioInfo
FARINAS Jérôme
jerome.farinas@irit.fr

FICHANT Gwennaele
Gwennaele.Fichant@ibcg.biotoul.fr

Composante
Faculté des Sciences et Ingénierie

Secrétariats pédagogiques
M1 BioInfo
FORLINO Caroline
Université Paul Sabalier

118 route de Narbonne
31062 TOULOUSE cedex 9
caroline.forlino@univ-tlse3.fr
0561558966

M2 BioInfo
FORLINO Caroline
Université Paul Sabalier

118 route de Narbonne
31062 TOULOUSE cedex 9
caroline.forlino@univ-tlse3.fr
0561558966
Université Toulouse III - Paul Sabatier - 118 route de Narbonne 31062 TOULOUSE CEDEX 9 téléphone +33 (0)5 61 55 66 11