Les Laboratoires d'excellence ou Labex font partie des dispositifs du programme des Investissements d'avenir mis en place par le Ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation. L'objectif de la création des Labex est de renforcer le rôle et la visibilité internationale des meilleurs laboratoires français dans toutes les disciplines et partout sur le territoire.

Voici les Labex impliquant des structures de recherche de l'université :
 
  • Cimi : centre international de mathématiques et d’informatique (IMT / Irit)
  • Next : nano, mesures extrêmes et théorie (LCAR / LCPQ / LNCMI / Cemes / LPCNO / LPT)
  • Tulip : vers une théorie unifiée des intercation biotiques - rôles des pertubations environnementales (EDB / LRSV / Sete)
  • Ocevu : origines, constituants et évolution de l'univers (Irap)
  • ParaFrap : alliance française contre les maladies parasitaires (CPTP)
  • Serenade : vers une conception de nanomatériaux innovants, durables et sûrs (Toxalim)
  • SMS : structuration des mondes sociaux (Certop / Lerass / Cresco)