L’Université de Toulouse possède sur ses campus de riches collections scientifiques et patrimoniales : collection de botanique, collection de minéralogie, collection de santé, collection de paléontologie, collection de biologie animale, fonds instrumental.
De plus, l'Université de Toulouse conserve des collections vivantes visibles sur le site du Jardin botanique Henri Gaussen, en plein cœur de Toulouse et à l'Arborétum de Jouéou, près de Bagnères de Luchon.