Les six pôles de recherche regroupent, dans une logique de champs disciplinaires, l’ensemble des structures de recherche rattachées à l'Université de Toulouse, à son établissement composante, à ses établissements associés et partenaires et plus largement les structures du site toulousain :
  • Pôle de recherche BABS : Biologie, Agronomie, Biotechnologies et Santé
  • Pôle de recherche DSPEG : Droit, Sciences Politiques, Economie et Gestion
  • Pôle de recherche H-SHS : Humanités, Sciences Humaines et Sociales
  • Pôle de recherche MST2I : Mathématiques, Sciences et Technologies de l’Information et de l’Ingénierie
  • Pôle de recherche SDM : Sciences De la Matière
  • Pôle de recherche UPEE : Univers, Planète, Espace et Environnement

Les pôles de recherche animent et coordonnent leur communauté. Ils participent à la définition et à la mise en œuvre de la stratégie scientifique de l'Université de Toulouse afin de développer l’excellence scientifique et technique de l’ensemble des disciplines du site toulousain. Ils contribuent au développement et au renforcement de l’interdisciplinarité et des liens entre la recherche, la formation et l’innovation.

Les pôles de recherche portent des missions relevant de la politique de site et des missions relevant seulement de l’Université de Toulouse. Ils proposent des stratégies de développement sous forme de recommandations sur la base d’une analyse de leurs thématiques de recherche, en intégrant le cas échéant une dimension inter-pôles, dans le contexte national et international.
De plus, riche de ses collaborations avec des établissements à l'étranger, l'université soutient la recherche à l'international à travers les dispositifs suivants : international research laboratories (ILR), international research networks (IRN), international research projects (IRP), laboratoires internationaux universitaires (LIU).