Les biofilms phototrophes sont des agrégats microbiens qui constituent la base de la chaîne trophique de certains écosystèmes d’eaux douces de surface. Ils se caractérisent par une grande biodiversité de microorganismes portant des fonctions essentielles, à l’origine des processus d’autoépuration des cours d’eau. Ils sont le siège d’interactions biogéochimiques, notamment avec les métaux véhiculés par la colonne d’eau. L’analyse de ces interactions est généralement réalisée par des approches macroscopiques supposant une inertie des biofilms. Or ceux-ci alternent leur métabolisme entre photosynthèse et respiration au gré d’un rythme circadien jour/nuit.
Une étude publiée dans la revue Environmental Science & Technology, fruit de la collaboration entre le Laboratoire écologie fonctionnelle et environnement (OMP, CNRS/Université Toulouse III - Paul Sabatier/Toulouse INP) et le laboratoire Géosciences et environnement Toulouse (GET-OMP, CNRS/Université Toulouse III - Paul Sabatier/IRD/CNES), montre que ces interactions biogéochimiques sont sous le contrôle des variations importantes du pH avec l’alternance jour/nuit, lesquelles stimulent des processus biologiques actifs et physico-chimiques passifs de fortes amplitudes. Ainsi, par exemple, les cycles biogéochimiques du cuivre et du zinc subissent de larges variations de leurs concentrations en solution, ce qui questionne sur leur utilisation comme traceurs de source, d’érosion ou de processus biologiques dans les eaux naturelles où les biofilms phototrophes constituent la principale manifestation trophique.
