Master parcours Bioinformatique et biologie des systèmes (BBS)

Résumé

Le parcours BBS est une formation multidisciplinaire en biologie, informatique et mathématiques pour une biologie holistique qui fera face aux défis scientifiques de demain en Biologie et en Santé

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Call to actions

Contacts internationaux
WALTERS Adam
fsi-contact.relations-internationales@univ-tlse3.fr
Contacts formation continue
CRESSAULT Yann
fsi-contact.formation-continue@univ-tlse3.fr
Responsable(s) de la formation
M2 BI-BBS

Composante

Détails

Infos clés

Composante

Lieu(x) des enseignements

  • Toulouse - 118 rte de Narbonne

Niveau d'admission

  • Bac + 3

Niveau de sortie

  • Bac + 5 (Niveau 7)

Langue(s) d'enseignement

  • Français

Stage(s)

Oui, obligatoire(s) (attributif ECTS)

Les +

Domaine(s) de compétence

  • Sciences du vivant
  • Maths et numérique

Aménagement(s) des études

  • Etudiant en situation de handicap
  • Etudiant entrepreneur
  • Etudiant salarié
  • Sportif et Artiste de haut niveau

Rythme et modalités d’enseignement

Accessible en
  • Alternance
    • Contrat d'apprentissage
    • Contrat de professionnalisation
  • Formation initiale
  • Formation continue / FTLV
  • VAE
  • Présentiel
En savoir plus à propos du Accessible en

Débouchés professionnels

Secteurs d'activité
Activités informatiques (génie logiciel, exploitation, maintenance, sécurité), Environnement, Industrie pharmaceutique & cosmétique, Recherche-innovation
Projet(s) tutoré(s)
Oui, obligatoire(s)
Métiers

Présentation de la formation

Ce parcours de master comprend deux années proposant une solide formation disciplinaire en Bioinformatique et en Biologie des Systèmes. L'accent est mis sur le traitement et l'intégration des différents types de données Omics, et la modélisation mathématique des réseaux de gènes pour étudier in silico le comportement dynamique du système biologique.

La première année (M1) correspond à une formation de 60 ECTS, construite sur un ensemble commun d'UE permettant au premier semestre d'acquérir les fondements disciplinaires en informatique, mathématiques et bioinformatique. Suivant l'origine des étudiant.e.s, Biologie ou Informatique, une UE au choix leurs permet d'acquérir les bases de l'autre discipline.
Le second semestre propose des UE d'approfondissement en programmation et en bioinformatique pour le traitement des données issues des approches à haut débit, l'extraction de connaissances à partir de grands jeux de données et l'initiation aux analyses d'évolution moléculaire. Deux UE au choix parmi 3 permettent d'acquérir un complément de formation soit en modélisation moléculaire, soit en statistiques multivariées.
Deux UE de langues vivantes sont proposées l'une au S1 et l'autre au S2.
Une UE de projet tuteuré est proposée au S2 étant donné l'absence de stage obligatoire en M1 due à la nécessité de renforcer les compétences disciplinaires. Les étudiant.e.s sont, cependant, fortement encouragés à effectuer un stage en fin d'année universitaire.

La deuxième année (M2) comprend une formation théorique (semestre 3, 30 ECTS) s'articulant autour de 8 UE dont la pédagogie fait appel le plus largement possible au travail en autonomie et/ou en groupe et s'appuie sur l'analyse des processus d'acquisition des connaissances scientifiques, des ateliers pratiques et la réalisation de projets. Deux UE portent sur la gestion de données biologiques complexes et une sur une introduction aux approches d'IA. Une UE aborde l'étude de la relation entre évolution des génomes et adaptation à des environnements différents. Deux UE d'initiation à la biologie des systèmes sont organisées sous forme d'ateliers consacrés à différentes problématiques scientifiques d'actualité, abordant, d'une part, les traitements d'intégration des données obtenus par différentes approches à haut débit pour caractériser le système, et d'autre part, les approches de modélisation mathématique pour mieux comprendre son comportement dynamique. La rigueur et la démarche scientifique requises pour réaliser la synthèse de travaux scientifiques et leur présentation sont abordées dans l'UE communication scientifique. Finalement, une UE aborde le développement des compétences transversales nécessaires à une insertion professionnelle réussie.
La formation pratique (S4) consiste en un stage de 6 mois soit en milieu académique, soit en entreprise, en France ou à l'étranger. Il est validé par un rapport écrit et une soutenance orale en fin d'année.

Connaissances

A l'issue du master, l'étudiant.e diplômé.e aura acquis :
  • les connaissances en programmation et gestion des données pour accompagner des projets en biologie.
  • les connaissances en traitements mathématiques des grands jeux de données pour en extraire les informations pertinentes.
  • les démarches pour dégager, à partir de différentes sources de données hétérogènes , les relations entre objets dans le but d'inférer des réseaux biologiques.
  • les méthodes de modélisation dynamique des réseaux biologique s pour analyser in silico leur comportement.
  • des connaissances pratiques par la réalisation de nombreux projets individuels et collectifs en plus d'un socle solide de connaissances théoriques.
  • l' autonomie nécessaire pour conceptualiser les problèmes liés à l'analyse des données biologiques et pour mettre en place et/ou développer les réponses méthodologiques adaptées pour résoudre la question biologique posée.

Lieu(x) des enseignements

Toulouse - 118 rte de Narbonne

Durée de la formation

2 ans

Partenariats

Laboratoires

Laboratoires partenaires accueillant les étudiant(e)s du parcours BBS en stage de M1 et de M2 :
  • domaines de l'agronomie et de la génétique animale et végétale : GenPhySe (UMR 1388 INRAEE), LIPME (UMR CNRS/INRAE 2594/441), MIAT (UPR 0875 INRAE), Toxalim (UMR 1331 INRAE-ENVT/EI-Purpan), LRSV (UMR 5546 CNRS/UPS) .
  • biologie microbienne : LMGM-CBI (UMR 5100 CNRS/UPS) ; TBI (INSA/CNRS 5504, UMP INSA/INRAE 792), IPBS(UMR 5089 CNRS/UPS.
  • biologie médicale et eucaryote : STROMALab (UMR CNRS 5273, U1031 Inserm, EFS-PM, UPS), I2MC Obesity Research Laboratory (UPS INSERM U1048), CPTP (INSERM UMR 1043 CNRS UMR 5282 UPS), CRCT (UMR 1037 Inserm, UMR CNRS 5071, UPS), MCD-CBI(UMR 5077 CNRS/UPS), IPBS(UMR 5089 CNRS/UPS).
  • en informatique : IRIT (UMR 5505 UPS/CNRS/INP/UT1/UT2J)

Entreprises

Les entreprises suivantes accueillent les étudiant(e)s du parcours BBS en stage de M1 et de M2. Certaines offres la possibilité d'établir un contrat en alternance en M2. Certains membres font partie du conseil de perfectionnement du master.
  • Vaiomer(Microbiome analysis in blood and tissues)
  • GenoSkin (skin & immunology)
  • Pierre Fabre (cosmetic)
  • Innolea (improvement of rapeseed and sunflower by promoting their adaptation to stressful environmental conditions)
  • Syngenta (agriculture)
  • les plateformes bioinformatique, bioinformatique et protéomique de la Génopole Toulouse qui bien qu'étant rattachées au monde académique sont au service de la R&D en Biologie.

Admission

Pré-requis

Niveau(x) de recrutement

Bac + 3

Formation(s) requise(s)

  • Licence Sciences de la Vie
  • Licence d'Informatique
Les candidatures d'étudiant.e titulaire d'une licence montrant une forte interdisciplinarité Sciences de la vie, Mathématique et Informatique, ou titulaire d'une double licence Biologie-Informatique ou d'une licence Sciences de la vie ayant suivi le parcours BIOMIP de l'UT3 sont particulièrement adaptées à la poursuite d'étude dans le parcours BBS.

Modalités de candidature

Les formations de Master sont ouvertes aux titulaires des diplômes sanctionnant les études du premier cycle (180 ECTS) ou équivalent et dans un domaine d’études correspondant. L’admission est prononcée à l’issue d’une procédure de sélection et en fonction des capacités d’accueil définies par l’établissement. Le dépôt des candidatures doit être effectué sur le site e-candidat (voir Candidater).

Modalités de candidature spécifiques

La sélection sera réalisée sur les dossiers de candidature sur les critères suivants :
Pour les étudiant.e.s de Licences Sciences de la Vie un bon niveau de base est souhaité en :
  • génétique/génomique/biologie moléculaire
  • mathématiques et statistiques
  • bioanalyse et/ou bioinformatique
Pour les étudiant.e.s en Licence d' Informatique un bon niveau de base est souhaité en :
  • informatique (algorithmique, programmation)
  • mathématiques (statistiques, modélisations)
  • des connaissances de base en Biologie de préférence moléculaire montrant leur sensibilisation à cette discipline.

Quelque soit l'origine de l'étudiant.e, il ou elle devra expliciter la cohérence et l'adéquation de son projet professionnel avec la formation proposée et démontrer sa capacité à s'investir.

Programme

Le syllabus de chacune des années composant le diplôme est téléchargeable au format PDF. Le document comporte une présentation de l’année, le programme de chacune des Unités d’Enseignement (UE) avec la bibliographie associée ainsi que les coordonnées de l’enseignant responsable et du secrétariat de la formation.

Un stage de 6 mois, au second semestre du master 2, s'effectuera au sein d'entreprises ou de laboratoires académiques dont les secteurs d'activités font appel aux traitements informatiques et/ou mathématiques des données biologiques. Il permettra à l'étudiant.e d'apprendre à travailler en équipe, de gérer un projet et donc d'organiser son travail de manière à répondre aux échéances exigées par l'encadrant, de trouver des solutions pour résoudre des problèmes non envisagés au départ. Il permettra aussi de mettre en œuvre les compétences acquises lors de la formation académique pour résoudre des problématiques concrètes.
Il permettra l'apprentissage du travail dans un environnement pluridisciplinaire (biologistes, bioinformaticiens, biostatisticiens, informaticiens) tout en faisant preuve d'autonomie et d'initiatives.
Le travail réalisé donnera lieu à un rapport écrit et à une soutenance orale.

Non

Une UE projet tuteuré est prévue au second semestre du M1. Le projet se fera en groupe de 2 à 3 personnes et portera sur des thématiques de Bioinformatique mettant en œuvre les compétences acquises au cours de l'année au service d'un projet proposé par un.e scientifique. Des techniques de travail en groupe et de suivi de projets seront utilisées. La réalisation de ce projet a pour but de développer leur autonomie dans le travail mais également leur aptitude à mener un projet d'équipe et à élaborer et suivre un cahier des charges.
L'évaluation se fera par des rapports de suivi de projet et une soutenance orale en anglais.

Alternance

L'alternance est proposée uniquement en master 2. La durée du contrat est de 1 an.

Et après ?

Compétences

  • Concevoir, gérer et administrer un système d'informations à travers l'administration de bases de données volumineuses et complexes de manière à extraire des informations pertinentes dans le cadre de projets biologiques
  • Conceptualiser des problèmes liés à l'analyse de données biologiques complexes et développer des réponses méthodologiques adaptées par leur traduction en terme d'algorithmique et leur implémentation sous forme de solutions logicielles.
  • Traiter, intégrer et analyser des données massives, complexes et hétérogènes (génomes, données issues d'expériences à haut débit, données environnementales, épidémiologiques, etc.) produites dans différents domaines de la biologie (santé, agronomie ou environnement) pour en extraire des connaissances facilitant l'aide à la décision et/ou au diagnostic.
  • Comprendre et prédire le comportement dynamique d'un système ou processus biologique en représentant les connaissances disponibles dans un modèle mathématique et en confrontant simulations numériques et résultats expérimentaux afin d'aider aux développements d'expérimentations plus ciblées.

Poursuites d'études

À l’UT3

A l'issue de ce parcours de master, les étudiant.e.s peuvent poursuivre en Doctorat :
  • au sein de L'Ecole Doctorale Biologie - Santé - Biotechnologies (BSB) dans la spécialité « Bioinformatique, génomique et Biologie des Systèmes »
  • au sein de l'Ecole Doctorale Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries (SEVAB)

Hors UT3

A l'issue de ce master, les étudiant.e.s peuvent poursuivre en Doctorat dans une autre université en France ou à l'étranger

Débouchés professionnels

L'évolution rapide des technologies dans le domaine des sciences de la vie et la généralisation de ces approches globales dans l'analyse du vivant génèrent dans les laboratoires publics et privés une demande accrue de jeunes cadres possédant des compétences pluridisciplinaires en biologie-informatique-mathématique et pouvant de plus jouer un rôle d'interface au sein de ces laboratoires.
Les débouchés professionnels se situent donc dans les secteurs d'activités privées ou publiques faisant appel aux traitements informatiques et mathématiques des données biologiques, notamment en agroalimentaire, pharmacologie, environnement et santé.