1838 : la chaire de zoologie de la Faculté des sciences est créée, peu après le décret impérial de 1808 rétablissant les facultés dans tout le pays.
Il semble que la collection soit constituée à ce moment là, par les différents titulaires de chaire ainsi que le personnel attaché aux différents laboratoires de biologie animale, qu'il s'agisse de préparateurs ou de maîtres de conférences. Les différentes pièces de la collection proviennent de récoltes personnelles et, plus rarement, d'achats ou de dons.
Comptant déjà plusieurs milliers d'échantillons au XIXe siècle, certains d'entre eux ont aujourd'hui disparu de la collection (dégradations trop importantes, pertes etc.). Cependant de nombreux spécimens servent encore de supports pédagogiques aux différents cours de biologie animale de l'Université ainsi que pour la préparation au concours de l'agrégation.
La collection regroupe aujourd'hui plusieurs milliers de spécimens dont de nombreux animaux naturalisés ou conservés en milieu liquide, mais aussi des squelettes de vertébrés, des coquillages, des boîtes à insectes, planches didactiques etc. Elle s'enrichit encore de nos jours au fil des travaux et des dons d'enseignants ou d'étudiants.
Un travail d'inventaire et de restauration de certaines pièces est actuellement en cours pour la préservation de la collection, en partenariat notamment avec la Région Occitanie/ Pyrénées-Méditerranée.
