L’origine de la collection de minéralogie de l'Université se trouve dans le cabinet d’histoire naturelle de Philippe Picot de Lapeyrouse. Sa collection de minéraux qui a plus de deux siècles est donc le noyau historique. Elle appartient à la Faculté des sciences depuis 1823. Les minéraux ne sont pas les seuls trésors de cette collection : il reste aussi des étiquettes originelles et… originales. Ce sont, pas moins de 700 cartes à jouer, détournées de leur fonction initiale de divertissement, qui sont devenues des étiquettes permettant d’identifier et de documenter les échantillons de la collection.
Azurite des mines de Chaissy de la collection Lapeyrouse
Cette collection sera par la suite enrichie par les chercheurs et professeurs de la Faculté des Sciences. En 1855, Alexandre Leymerie qui en a la charge, une Notice sur le cabinet minéralogique et géologique de la Faculté des Sciences qu’elle comprend 9000 échantillons . Elle est alors organisée en 3 grands ensembles : La collection générale, la collection pyrénéennes et la collection des caractères. Cette dernière collection, composée de 205 minéraux, permettait de présenter aux élèves un panel des différents caractères minéralogiques : forme, structure, densité, dureté, caractères optiques…
Par la suite, certains spécimens sont rattachés à d’autres disciplines, ainsi les coquilles et pétrifications forment la collection de paléontologie. En 1882, la collection de minéralogie ne conserve « que » 4826 échantillons. Durant le XXe siècle le travail d’enrichissement se poursuit, avec des spécimens récoltés dans le monde entier lors de travaux de recherches.
Quelques minéraux entrent dans les colletions grâce à des dons comme ce souffre offert par Paul Sabatier en 1926 .
A l’aube du XXIe siècle, Raymond Pulou confie à Didier Béziat et Philippe de Parseval près de 40 000 pièces.
Le déménagement des collections de minéralogies des anciens locaux de la Faculté des Sciences des Allées Jules-Guesde vers le campus de l’Université Toulouse III – Paul Sabatier en 2014 a enclenché une politique d’inventaire et de réorganisation de la collection de minéralogie, en partenariat notamment avec la Région Occitanie/ Pyrénées-Méditerranée. La collection Lapeyrouse a retrouvé son unité historique et est valorisée dans une exposition itinérante lancée en septembre 2022.